As Pró-Reitorias auxiliam a Reitoria no desempenho de suas funções. Cada uma tem seu foco específico:

Pró-Reitoria	Função
Pró-Reitoria de Graduação (PR-1)	Trata dos assuntos ligados aos alunos de graduação, tais como matrículas, diplomas etc.
Pró-Reitoria de Pós-Graduação (PR-2)	É responsável pela coordenação dos cursos de pós-graduação e por tudo o que diz respeito aos pós-graduandos.
Pró-Reitoria de Planejamento e Desenvolvimento (PR-3)	Cuida do planejamento estratégico, físico, financeiro e orçamentário da UFRJ.
Pró-Reitoria de Pessoal (PR-4)	Trata dos assuntos ligados aos servidores, técnicos e docentes, ativos e inativos.
Pró-Reitoria de Extensão (PR-5)	É responsável pelas atividades de extensão da Universidade, tais como cursos, programas, projetos, atividades culturais etc.
Pró-Reitoria de Gestão e Governança (PR-6)	Cuida das atividades relativas à administração dos serviços gerais da Universidade. Dentre eles, a aquisição de materiais e equipamentos, licitações e contratos de serviços, administração dos bens do patrimônio e outros.
Pró-Reitoria de Políticas Estudantis (PR-7)	Tem como foco principal as políticas estudantis, que visam à permanência dos estudantes na Universidade, e atividades que, até sua criação, eram desempenhadas pela SuperEst.